এই অভিযোগে তাকে মৃত্যুদণ্ডাদেশ দিয়েছে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল।

তিনি দাবি করেন, মুক্তিযুদ্ধের সময় তার ভূমিকা নিয়ে স্বাধীনতার পর সংবাদমাধ্যমগুলোয় প্রকাশিত ‘বানোয়াট গল্পকাহিনীতে’ প্রভাবিত হয়েই শহীদ বুদ্ধিজীবীদের স্বজনরা তার বিরুদ্ধে সাক্ষ্য দিয়েছেন।

“আমি [২৫শে মার্চের] মিলিটারি অ্যাকশনের পরে এক রকমের প্রটেস্ট হিসেবেই আমার রাজনৈতিক দায়িত্বগুলো থেকে ইস্তফা দিয়েছি।”

সাজাপ্রাপ্ত অপর যুদ্ধাপরাধীদের বিষয়ে মুঈনুদ্দীন বলেন, “দেশের নামিদামী লোক, শ্রদ্ধাভাজন আলেম, ইসলামী চিন্তাবিদ`, ইসলামী নেতা এক-আধ জন আছেন যারা দীর্ঘদীন ধরে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হচ্ছেন। তাদের বিরুদ্ধে জাল জোচ্চুরির মাধ্যমে এসব রায় হাসিল করা হয়েছে।”

ট্রাইবুনালের বিচারে তিনি সম্পর্কিত ছিলেন না দাবি করে এই আল বদর নেতা জানান, ফাঁসির রায়ের বিরুদ্ধে আপিল করবেন না তিনি।